Szentegyháza városának történelmét két település fejlődése határozta meg: az egyik a mai település északi része, Szentegyházasfalu, míg a másik, déli tájolású, városi jelleget viselő Szentkeresztbánya.

Szentegyházasfalu (Szentegyházasoláhfalu, Oláhfalu, Túlsó-Oláhfalu, Nagy-Oláhfalu, Székelyváros) keletkezéséről és elnevezéséről több elmélet is létezik.

A hagyomány szerint, amit Orbán Balázs is lejegyzett, a falu elnevezése egy Oláh János nevű pásztortól ered, akinek egy fogadója volt a mostani falu felső felében. A moldvai románok állandó gazdasági kapcsolatot tartottak fenn a székelységgel, a termékeiket egymás között kicserélték és ezért napi járóföldnyi távolságra egy-egy pihenőhelyet építettek a maguk és teherhordó állataik számára. A később ide települt székelyek a fogadós vezeték neve miatt “Oláh falának" nevezték el a pihenő helyet, ezzel magyarázva a falu elnevezését.

Orbán Balázs egy másik történetet is leír, amely szerint Oláhfalu első lakója az oláh eredetű Fejér Márton volt, aki a később odatelepedett három székelyt eladósította és zselléreivé kényszerítette. Igy magyarázva a nemzetiségi származásra utaló elnevezést. 

A valóságnak jobban megfelelő és tudományos módszerekkel bizonyítható magyarázat szerint a település első lakói a XIV. században, a magyar királyok által Felcsíkból ide telepített székelyek voltak.  Később a tatár, török dúlások és vallási villongások miatt a falut Csíkból, Gyergyóból és Háromszékről származó székelyekkel telepítették be az erdélyi fejedelmek. A település lakóinak feladata a Székelyudvarhely-Csíkszereda közötti út őrzése és a postakocsi forgalom bíztosítása volt.

1848 és 1876 között Szentegyházasfalu és Kápolnásfalu eddigi elnevezését Székelyváros néven használták.

Szentkeresztbánya múltja csak a XIX. század elejéig vezethető vissza. A vasbányászat és feldolgozásáról nevezetes Lövéte határában (a mai Lövétebányá) 1836-ban Gyertyánffy Jónás, Selmeczbányán tanult mérnök alapít gyártelepet, majd 1851-ben a Kápolnásfaluból érkező Rákos-patak és a Vargyas-csatorna összefolyásánál, a Lobogó nevezetű fürdőhely szomszédságában, Demeter Miklós brassói vállalkozó építet új telepet, ahol hámorok, nagyolvasztó, öntöde, asztalos- és lakatosműhelyek, munkások számára lakóházak épülnek. A folyamatosan fejlődő és növekvő kis vasipari telep, egy művelés alatt álló bányatelek nevét kapta, mely a Szentkereszt nevet viselte. A helyi ipar folyamatos fejlesztéséhez az 1860-as évekre idegenből (Bukovinából, Csehországból, Szepességből) szerződtettek szakembereket, betelepítve a Knobloch, Schnitzer, Svella, Negrich családokat, melyek leszármazottai a mai napig is élnek Szentegyházán. A későbbiekben virágzó fürdőélet alakult ki az ipar mellett, további nyaraló épületekkel, villákkal bővült a település. A XIX.-XX. század fordulóján lövétei lakosok népesítették be a telep északkeleti részét. A folyamatosan fejlődő település ipari várossá nőtte ki magát és 1953-ban Szentegyházasfaluhoz csatolták Újvlahica, Újváros néven.

1968-ban megkapta a hivatalos közigazgatási, város rangot Vlahica névvel és közigazgatásilag hozza csatolták Homoródfürdőt és Lövétebányát. A hivatalos nevét központi utasításra, Szentegyházasfalu román elnevezéséből (Vlah, Valah) kapta.

1990-től a település a Szentegyháza nevet viseli és az addigi Vlahicát meghagyta a város román elnevezésének.